ИИ научился измерять скорость старения по ДНК: FraminghamPACE связал эпигенетику с изменениями здоровья
Учёные представили вторую версию FraminghamPACE — биомаркера на основе метилирования ДНК, который оценивает скорость возрастных изменений, а не биологический возраст человека. Модель обучили на данных 2069 участников многолетнего исследования сердца Framingham и проверили в независимых когортах и клиническом испытании ограничения калорийности.
«Работа опубликована, однако пока не прошла независимую научную проверку (peer review) и не доказывает, что показатель может использоваться как клинический индикатор эффективности лечения», — сообщает IXBT News.
Модель разработали на основе данных Framingham Heart Study Offspring Cohort. Авторы адаптировали метод Pace of Aging для набора данных с разным возрастом участников и неодинаковыми интервалами наблюдений. В основу модели легли изменения 17 показателей крови и работы органов, собранные в течение 8 обследований с 1971 по 2008 год.
Для создания биомаркера использовали данные метилирования ДНК 2069 участников и 2 модели машинного обучения. Версия на основе elastic net использовала 1123 участка CpG, а модель ridge regression — 14 465 участков. На отложенной части данных Framingham модели объясняли 47% и 46% вариации рассчитанного темпа старения соответственно.
Дополнительные проверки показали высокую воспроизводимость измерений: в технических повторах из исследований LOLIPOP и CARDIA коэффициент согласованности превышал 0,95. Более высокие значения FraminghamPACE были связаны с меньшей продолжительностью периода жизни без серьёзных заболеваний и общей продолжительностью жизни в нескольких наблюдательных группах. В рандомизированном исследовании CALERIE показатель снижался у участников группы с ограничением калорийности, что совпадало с изменениями другого биомаркера старения DunedinPACE.
При этом авторы подчёркивают, что FraminghamPACE пока остаётся исследовательским инструментом: для применения в клинике потребуется дополнительная проверка на разных группах населения и подтверждение того, что изменение показателя действительно связано с улучшением здоровья.
Подписывайтесь на наш Telegram-канал, чтобы быть в курсе всех новостей и событий Рунета.
